《漂浮于太空的教室》是一部带有科幻色彩的日剧，讲述了高中生们根据科幻小说进行的一系列实验。故事发生在东京新宿的一所高中夜校，这里的学生年龄和背景各异。某天，一位神秘的理科教师藤竹加入了他们。

藤竹带领学生们以再现“火星火山口”的实验为目标，但学生们面临着各自的障碍，包括家庭问题和个人困扰。在第三集中，越川安吉拉（GAU）在丈夫和女儿的支持下成为这所高中的学生。然而，升入二年级后，她发现自己跟不上学习进度，正打算放弃时，班主任藤竹把她叫到了物理备课室。在那里，她惊讶地看到同班的不良学生岳人（小林虎之介）沉迷于科学实验。藤竹邀请安吉拉加入科学部，在这里她找到了许多志同道合的朋友。

另一名学生名取佳纯（伊东苍）则经常躲在保健室里不上课。保健室老师佐久间在她的交流笔记中发现了她写的关于理科的内容，便向藤竹咨询。藤竹发现这些内容是佳纯模仿某部科幻小说写的，意识到让她离开保健室是一项挑战。因此，他尝试通过基于那部小说的实验来为佳纯创造一个外出的机会。与此同时，佐久间将佳纯与自己曾经接触过的学生联系起来，感到越来越不安。