金枪鱼是深海鱼。金枪鱼栖息在100-400米水深的海域，幼体的大眼金枪鱼和黄鳍金枪鱼以及鲣鱼都栖息在海洋的表层水域，一般不超过50米水深。而成体的大眼金枪鱼和黄鳍金枪鱼栖息水层比较深，大眼金枪鱼的栖息水层深于黄鳍金枪鱼。